Налогообложение АПК: ключевые изменения с 2026 года

Сельское хозяйство традиционно является одной из самых защищенных отраслей российской экономики с точки зрения налоговой нагрузки. Единый сельскохозяйственный налог (ЕСХН) и другие значительные льготы по налогообложению долгие годы служили фундаментом для развития импортозамещения. Однако налоговая реформа, ключевые элементы которой вступают в полную силу с 2026 года, вносит коррективы в привычный уклад агробизнеса, и отрасль сталкивается с новой реальностью: усложнением администрирования, расширением круга плательщиков НДС и пересмотром условий применения специальных налоговых режимов. Цель данной статьи — структурировать изменения и оценить их совокупное влияние на аграрный сектор.

2.1. Реформа НДС и «упрощенка»: критический порог 2026 года

Одним из самых резонансных нововведений стало изменение правил работы на упрощенной системе налогообложения (УСН). С 1 января 2025 года компании с доходом свыше 60 млн рублей стали плательщиками НДС

- уплата НДС по пониженным ставкам (5% при доходе до 272,5 млн руб. или 7% до с 272,5 до 490,5 млн руб. в 2026 г.) без права на налоговые вычеты

- переход на общую ставку НДС (а с 2026 года базовая ставка составляет 22%) с возможностью полноценного возмещения «входного» налога с покупок (техники, ГСМ, удобрений и др.).

Пониженные ставки НДС фиксируются за налогоплательщиком на срок 3 года. С 2026 г., если упрощенец начал впервые применять пониженные ставки, в течение первых четырех последовательных кварталов он может передумать и перейти на общую ставку (с вычетами)

В случае, если выручка организации на УСН менее 20 млн руб. в год, возможность добровольной уплаты НДС отсутствует

В ближайшие годы законодательно закреплено дальнейшее расширение взимания НДС — упрощенцы будут обязаны уплачивать НДС с годовой выручки за прошлый год в размере более 15 млн руб. с 2027 года, более 20 млн руб. с 2028 г., причем если упрощенец применяет и другие налоговые режимы, то учитывается общий совокупный доход.

2.2. ЕСХН и НДС

Лимит для освобождения от НДС на ЕСХН зафиксирован на уровне 60 млн рублей. Те хозяйства, чья выручка превышает этот показатель, обязаны работать с НДС. Освобождение от НДС на ЕСХН по-прежнему предоставляется не автоматически, а через подачу уведомления в ИФНС. Организации на ЕСХН могут добровольно уплачивать НДС и выручке ниже установленной пороговой величины.

2.3. Налог на прибыль

Несмотря на повышение общей ставки налога на прибыль с 20% до 25% в 2025 году, для сельхозтоваропроизводителей, соответствующих критериям (доля доходов от реализации сельхозпродукции не менее 70%), сохранена бессрочная нулевая ставка. Это ключевое преимущество агросектора, которое позволяет реинвестировать прибыль в модернизацию парка техники и строительство перерабатывающих мощностей. Однако любые побочные виды деятельности (например, агротуризм или торговля сторонними товарами) будут облагаться по новой, повышенной ставке.

2.4. НДФЛ и страховые взносы

Основное кардинальное изменение по страховым взносам касается малого и среднего предпринимательства (МСП) и связано с тем, что с 2026 года пониженный тариф 15% (с выплат сверх МРОТ) доступен только тем субъектам МСП, чьи виды деятельности Правительство РФ признает «приоритетными» с долей дохода от этого вида деятельности не менее 70%, а это 54 кода ОКВЭД. Сельское хозяйство входит в перечень льготных отраслей, поэтому ставка страховых взносов составляет 15% сверх МРОТ.

Если организация АПК классифицируется как МСП в сфере обрабатывающего производства, то вместо 15% уплачивается 7,6% при осуществлении промышленной переработки сельхозсырья (например, производство мясных продуктов, сыров, растительных и животных масел, молочной продукции).

В части НДФЛ продолжает действовать льгота, предоставляется только раз в жизни — доходы крестьянских (фермерских) хозяйств, получаемые от производства и реализации сельхозпродукции, освобождаются от НДФЛ в течение пяти лет.

2.5. Имущественные налоги

С 2026 года введена новая федеральная льгота по транспортному налогу для специализированной техники — тракторы, комбайны, самоходные косилки, агрегаты для внесения удобрений, используемые сельхозпроизводителями по целевому назначению, освобождаются от налогообложения, что стимулирует обновление фондов.

По налогу на имущество организаций кадастровая оценка, применяемая в отношении некоторых объектов (например, административно-деловые здания агрохолдингов) продолжает расти, увеличивая базу для исчисления налога. Кроме того, максимальная ставка налога на имущество организаций в 2026 году скорректирована до 2,5% вместо прежних 2,0% для объектов с кадастровой стоимостью свыше 300 млн рублей. Отметим, что кадастровая оценка имущества обычно неактуальна для сельскохозяйственные производителей, для большинства производственных объектов АПК (коровники, склады, элеваторы) ставка по-прежнему ограничена 2,2% от балансовой остаточной стоимости, а при применении ЕСХН или УСН сельхозпроизводители полностью освобождены от этого налога.

Для сельского хозяйства сохраняются значительные налоговые упрощения через сниженную ставку НДС 10%, нулевую ставку налога на прибыль, возможность применения ЕСХН с добровольной уплатой НДС, льготы по уплате НДФЛ главам и членам крестьянско-фермерских хозяйств в течение пяти лет с года регистрации хозяйства. В 2026 году применение упрощенной системы налогообложения агросектору не представляется целесообразным, но стоит рассмотреть АвтоУСН, при котором не уплачиваются страховые взносы (за исключением травматизма) и НДС